Francesco II nacque a Napoli il 26 gennaio 1836 da Ferdinando II di Borbone, re delle Due Sicilie, e della prima moglie Maria Cristina di Savoia, figlia di Vittorio Emanuele I.
Di carattere timido, fu educato dai padri scolopi. Nel 1859 sposò Maria Sofia di Baviera, sorella dell’imperatrice d’Austria Elisabetta.
Alla morte del padre, il 22 maggio 1859, salì al trono. Era un periodo particolarmente difficile per il Regno delle Due Sicilie, isolato a livello internazionale. Salito al trono chiamò al governo Carlo Filangieri, abile uomo di Stato, che cercò di far uscire il Regno delle Due Sicilie dall’isolamento internazionale, auspicando un’alleanza con la Francia e con il Piemonte, rifiutata, però, dal sovrano.
Nel marzo 1860 Filangieri si dimise. L’11 maggio 1860 Garibaldi sbarcò a Marsala e il 27 entrò a Palermo. La spedizione dei Mille ben presto giunse in Italia meridionale. Dopo la conquista della Sicilia e della Calabria, su suggerimento di Liborio Romano, ministro dell’Interno del governo duosiciliano, Francesco II decise di lasciare Napoli. Abbandonato dalla sua flotta, Francesco II ripiegò dapprima sulla linea del Volturno e poi si ritirò con la regina consorte a Gaeta, dove l’esercito borbonico si difese contro l’assedio dell’esercito sardo-piemontese comandato dal generale Cialdini. Dopo la capitolazione di Gaeta, del 13 febbraio 1861, Francesco II si recò in esilio con la moglie e la sua corte a Roma. Da qui tentò di fomentare la reazione legittimista nelle province napoletane.
La coppia reale rimase a Roma fino al 1870. Dopo la definitiva partenza da Roma, Francesco II si stabilì a Parigi. Morì in trentino il 27 dicembre 1894.
